Pues al final no he conseguido hacer funcionar OMEMO en MUCs con Gajim en Ubuntu LTS (16.04). El botón está, pero hay alguna condición que lo deshabilita. Lo único que he visto diferente es la versión de python-axolotl: 0.1.7 en Ubuntu, 0.1.35 en Debian Testing, pero no sé si será el motivo.