Muchas veces es porque a pesar de ser libres dependen de librerías no libres. Si es posible eliminar la dependencia (y alguien le dedica el tiempo necesario) se publica en F-Droid añadiendo algo como (FOSS) al nombre.
En otros casos es simplemente porque no la conocen, no dan a basto, para esas puedes abrir un RFP (Request for packaging):
Política de inclusión:
https://f-droid.org/en/docs/Inclusion_How-To/
Aquí se hace un RFP:
https://f-droid.org/en/issues/