Bueno, tampoco es tan así.
Lo que explican es que si usas Twitter como la mayoría de la gente lo hace, es decir mediante la aplicación web (ya no digamos en el smartphone), ejecutas javascript no libre. Para evitarlo recomiendan usar un cliente libre.
Y, además, que tus datos personales pueden ser revelados a las autoridades, como ya pasó en Estados Unidos (y como todo el mundo sabe en España también). (Y añado que este problema no es exclusivo de Twitter).