He escrito bastante sobre edición de vídeo utilizando @FFmpeg directamente desde la línea de comandos (¡soprendentemente divertido!), y en este artículo explico como meter una marca de agua traslúcida en tus vídeos:
http://www.linux-magazine.com/Issues/2018/206/Tutorials-FFmpeg
Cómo es desde la línea de comandos, se puede automatizar y lo puedes utilizar para marcar todos los vídeos en un directorio de una sola vez, por ejemplo. ¡Muy útil!
Y aquí va un vídeo de ejemplo: https://peertube.mastodon.host/videos/watch/fc51cd4f-98ad-4282-a8be-edc19005d1fa