En el prefs.js, si añades líneas, el efecto es "cambiarlas".
Como yo creo que funciona es que firefox tiene los valores por defecto en una base de datos y si tú pones algo en el prefs.js (sea cambio de línea o nueva línea) el efecto es el de sobreescribir el valor por defecto.
Creo que te voy entendiendo de todas maneras. Tú esperas que todo lo que quieres cambiar esté ya presente en un fichero determinado y entonces recorrerlo para cambiarlo. Eso no se podría hacer, hasta donde yo se.
Intenta husmear por los ficheros sqlite a ver si están ahí todos los valores.