Lo bueno y lo malo del GIT es que no hay una manera en la que se debe usar, solo maneras de usarlo. Luego están lo que se llama los "git flows" más o menos estándar.

GIT es distribuido. Empiezas clonando el proyecto que te interesa. Siempre se crean las nuevas ramas en local, además si quieres terminar enviando un PR (esto es terminología de github y no existe en GIT, en gitlab es Merge Request) seguro que tienes que hacer una rama. Esa rama la harás en tu repositorio local. Cuando termines el trabajo enviarás tu rama local al repo remoto y desde la interfaz web de github solicitarás PR desde tu rama para mezclar en la rama que diga el propietario del proyecto, que suele ser master o develop.

Lo que dicta el contenido de un PR o MR es que sea coherente. Se pueden hacer múltiples cambios en múltiples ficheros pero todos dirigidos a un objetivo común, objetivo que se explicará en el mensaje del PR. Por ejemplo "Esta PR implementa login en GNU Social usando un servidor LDAP". Toda esa magna tarea implicará un montón de cambios, pero se considera que es correcto hacerlo en un PR. Cuando el propietario aprueba los cambios, se hace la verdadera mezcla (merge) de tu rama en su master o su develop o como la quiera llamar.

Una guia útil sobre el git flow considerado más "estándar" sería esta http://guides.the-cocktail.com/git/. Cualquier cosa, sigue preguntando.